Фамилия Патапун — редкая и на первый взгляд неочевидная по происхождению. Её основа не вписывается в ряд типичных русских фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров) или профессий (Кузнецов). В данном случае ключ к разгадке — в суффиксе и региональной привязке.

Словообразовательная модель указывает на украинское или южнорусское происхождение. Суффикс -ун в фамилиях (ср. Говорун, Скакун, Хрипун) обычно образует прозвища по действию или характерному признаку. Корень «патап» — это, скорее всего, искажённое или диалектное произношение имени Потап. То есть Патапун — это «сын Потапа» или, точнее, «человек, связанный с Потапом». Такая модель «имя + -ун» встречается в украинской ономастике, где суффикс -енко более распространён, но -ун тоже давал фамилии, особенно в западных и центральных областях.

Есть и другая, менее вероятная, но возможная версия. В некоторых говорах глагол «патапать» мог означать «топать», «шлёпать по грязи», «ходить тяжело». Тогда прозвище Патапун дали бы неуклюжему или медлительному человеку. Однако первая версия — от имени Потап — выглядит убедительнее, поскольку имена были самым частым источником фамилий, а звуковое сходство «Потап — Патап» легко объясняется аканьем (произношением «о» как «а»), свойственным южнорусским и украинским говорам.

Фамилия не относится к дворянским или старинным аристократическим родам. Её носители — потомки крестьян, казаков или мещан, вероятно, с территории современной Украины, Белгородской, Воронежской или Курской областей России. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит о локальном происхождении: возможно, прозвище закрепилось за одной семьёй в конкретном селе и не получило широкого распространения.