Фамилия Патрикеева ведет свое происхождение от крестильного имени Патрикей, которое в переводе с греческого означает «аристократ». Эта версия считается основной, и она подтверждается знатным происхождением первых носителей фамилии. Родоначальником князей Патрикеевых стал Патрикий Наримонтович, князь пинский, внук литовского правителя Гедимина. Он возглавлял новгородскую рать в борьбе против великого князя Дмитрия Ивановича, а позже его сыновья перешли на службу в Москву при Василии Дмитриевиче. Старший сын Федор получил прозвище Хованский, а младший Юрий стал именоваться князем Патрикеевым. Среди потомков Юрия выделяется Василий, известный как Вассиан Косой, церковный публицист и деятель. Другие внуки Юрия дали начало княжеским родам Щенятьевых, Голицыных и Куракиных.

Существует и альтернативная гипотеза, связывающая фамилию с просторечным глаголом «патрать», то есть «пачкать». От него могло возникнуть прозвище, которое затем закрепилось как фамилия. Однако эта версия выглядит менее убедительной: слишком уж значимым было положение первых Патрикеевых, чтобы их родовая память сохранила прозвище, связанное с неопрятностью. Иногда упоминают и имя Патрокл, но оно было редкостью на Руси, поэтому вряд ли стало основой для распространенной фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Патрикей добавился притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность потомку человека с этим именем. Такая схема типична для русских фамилий, образованных от канонических имен. Интересно, что фамилия Патрикеева, несмотря на княжеское происхождение, не осталась исключительно дворянской. Со временем она распространилась шире, и сейчас ее носят люди, чьи предки могли быть крестьянами или мещанами, получившими фамилию по имени своего родоначальника.