Фамилия Пайкиева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии происхождения. Её основа — «Пайки» — указывает на топоним, а не на личное имя или прозвище. Скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта Пайки или Пайка, которые встречаются в России, в первую очередь в Карелии и Ленинградской области (деревня Пайки, например, есть в Приозерском районе). Суффикс -ев (после мягкого согласного «к») в этой модели работает по принципу «чей?»: Пайкиев — «сын того, кто из Пайков» или «выходец из Пайков». Женская форма Пайкиева, соответственно, закреплена за носительницей фамилии по отцу или мужу.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: топоним + суффикс принадлежности. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые часто образуются от крестильных имён (Пётр — Петров, Иван — Иванов), фамилии на -ев/-ов от названий деревень типичны для северо-западных и центральных регионов России, где крестьяне получали фамилию по месту жительства. В Карелии и на сопредельных территориях такие фамилии особенно распространены, и Пайкиева — типичный пример.

Менее вероятная, но не исключённая версия — связь с диалектным словом «пайка» (небольшая доля, часть, паёк) или с тюркским именем Пайка (в значении «господин»). Однако первая версия слаба: прозвище от «пайки» (доли) маловероятно для фамилии с суффиксом -ев, а не -ин. Тюркская гипотеза не подкрепляется ареалом: фамилия Пайкиева не фиксируется в массовом порядке в татарской или башкирской среде, где такие основы обычны, а вот в Карелии и Ленинградской области — да. Поэтому основная версия — топонимическая, и она же самая правдоподобная.

В дореволюционных источниках фамилия встречается редко, что говорит о её локальном характере. Носители, вероятно, были крестьянами или мещанами из северо-западных губерний. О сословной принадлежности предков можно судить только по косвенным данным: фамилии от названий деревень в этой местности чаще всего получали государственные крестьяне или бывшие монастырские крестьяне, которые после реформ 1861 года закрепляли за собой фамилию по месту приписки.