Фамилия Пефти — редкий случай, когда основа не поддаётся очевидной славянской или тюркской этимологии. В русском языке у неё нет привычного суффикса — -ов, -ин, -ский, что сразу указывает: перед нами не типичная русская фамилия, образованная от отчества или прозвища с помощью патронимического форманта. Скорее всего, это транслитерация или русификация иноязычной фамилии, которая попала в русскую среду без переоформления.

Наиболее вероятная версия — греческое происхождение. В греческом языке существует слово «πεύκη» (певки) — сосна. Фамилии от названий деревьев в Греции встречаются, и форма «Πεύκης» или «Πεύτη» могла быть передана на русский как Пефти. Звуковой переход «в» в «ф» при заимствовании через южнославянские диалекты или при оглушении в устной речи — явление распространённое. Если предки носителя фамилии были греками, переселившимися в Россию (например, в ходе массовой миграции греков в Причерноморье и на Кубань в XVIII–XIX веках), то фамилия могла сохраниться в исходном произношении.

Другая, менее вероятная гипотеза — связь с румынским или молдавским «peft» (дешёвый, ничтожный). В Молдавии и на юго-западе Украины такие прозвища могли дать бедному или незнатному человеку. Однако в русском антропонимиконе фамилии с основой «пефт-» почти не встречаются, что говорит о её локальном, а не массовом характере.

Географически фамилия Пефти фиксируется в основном на юге России — в Краснодарском крае, Ростовской области, а также среди греков Украины. В дореволюционных метрических книгах она почти не попадается, что подтверждает её позднее появление в русском контексте. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды греческих колонистов или ремесленников, которые осели в Новороссии. Фамилия осталась без изменений, потому что была короткой и не поддавалась переделке на русский лад — в отличие от длинных греческих фамилий, которые часто обрусевали через суффиксы.