Фамилия Пеганский — одна из тех, где на первый взгляд очевидная основа скрывает неожиданный поворот. Если отталкиваться от самого напрашивающегося объяснения — «пегий», то есть пёстрый, пятнистый, — то перед нами типичное прозвище по внешнему признаку. Так могли назвать человека со светлыми или седыми прядями на фоне тёмных волос, с неровным цветом кожи или просто того, кто любил пёструю одежду. Однако в русской ономастике суффикс -ский почти всегда указывает на географическое происхождение: он образует фамилии от названий населённых пунктов. Это значит, что Пеганский — скорее всего потомок человека, который был родом из села или деревни с названием Пеганово, Пеганка или Пегани.

Такие топонимы действительно встречаются, особенно на севере и северо-востоке России. В Вологодской, Архангельской, Кировской областях есть несколько деревень с корнем «пеган-». Само название села могло произойти от прозвища первопоселенца (того самого Пегана), а могло — от речки или урочища с похожим именем. Таким образом, фамилия Пеганский — это типичная «географическая» фамилия, которая закрепилась за дворянами, духовенством или мещанами, получившими её при переезде или при поступлении в семинарию. В среде крестьян такие фамилии на -ский встречались реже, чаще их давали священникам или выходцам из других сословий, желавшим подчеркнуть место рождения.

Спорный момент — возможная связь с польским или украинским словом «пеганий» (пёстрый, рябой). В Речи Посполитой фамилии на -ский были массовыми у шляхты, и Пеганский мог быть полонизированной версией прозвища Пеганый. Но для русского контекста версия с топонимом выглядит убедительнее: слишком много деревень Пеганово на карте, чтобы списывать всё на случайность. В любом случае, основа остаётся той же — «пег-» со значением пёстроты, пятнистости.

Встречаются и редкие варианты написания — Пеганьский, Пеганской, но они архаичны или диалектны. Современные носители фамилии живут в основном в центральной России, Поволжье и на Урале, что совпадает с ареалом топонимов Пеганово. Фамилия не слишком распространена, но и не исчезает — держится в пределах нескольких сотен семей.