Фамилия Пеганова происходит от прозвища, в основе которого лежит славянский корень пег-. «Пегав» по-словенски означает «пятнистый, веснушчатый». В русском языке слово «пегий» также означает «пятнистый», «крапчатый». Пеганом, пегашкой, пегачом называли лошадь пегой масти. Вероятно, человек мог получить прозвище Пеган (или Пегий) из-за особенностей своей внешности, скорее всего из-за веснушек на лице. Менее вероятно происхождение фамилии от топонима Пеган. Так называется деревня в Макушинском районе Курганской области. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Пеган, со временем получил фамилию Пеганова.