Фамилия Плеганова — женская форма фамилии Плеганов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или мирского имени Плеган. В русской ономастике суффикс -ан был одной из моделей для образования прозвищ, часто с оттенком просторечия или уменьшительности. Если отбросить типовой фамильный суффикс -ов, остаётся корень плег-, который напрямую указывает на основу прозвища.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «плегать» или существительным «плега». В некоторых русских говорах, особенно в южнорусских и рязанских областях, «плегать» означало «брести, тащиться, идти с трудом» или «плестись». Соответственно, Плеганом могли прозвать медлительного, неуклюжего или усталого человека, который ходит вразвалку. Также слово «плега» фиксируется в значении «петля, силок» — в таком случае прозвище могло относиться к охотнику или птицелову, который ставил силки. Это менее распространённое, но возможное толкование.

Менее убедительна версия о связи с польским или западнославянским словом «plega» (забота, попечение) — в русской среде такое заимствование без дополнительных исторических свидетельств маловероятно. Также не стоит путать фамилию с распространённой фамилией Плеханов, которая происходит от «плеха» (лысина, плешь) — корни разные.

Географически фамилия Плеганов встречается нечасто, но тяготеет к югу России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии фиксировались в основном среди крестьян и мещан. Словообразовательная модель на -ан, -анов типична для прозвищной основы, которая позже закрепилась как фамилия без дополнительных дворянских приставок. Таким образом, предки носителей фамилии Плеганова — люди, получившие уличное прозвище по походке или, возможно, по занятию, и жившие в центральных или южных губерниях России.