Фамилия Пеганов происходит от личного прозвища Пеган, которое восходит к славянскому корню пег-. В русском языке это слово известно в форме «пегий» — «пятнистый, крапчатый», а у южных славян, например у словенцев, «пегав» значит «веснушчатый». Смысл прозвища прозрачен: так могли назвать человека с заметными веснушками на лице или с иными особенностями кожи, выделявшими его среди окружающих.

Однако у слова «пеган» было и другое, вполне конкретное употребление. Пеганом, а также пегашкой или пегачом в народной речи называли лошадь пегой масти. В крестьянской среде, где лошадь была главным помощником и её масть всегда бросалась в глаза, прозвище по такому признаку могло закрепиться за человеком, например, за владельцем приметного коня или за тем, кто ухаживал за лошадьми. Не исключено, что прозвище носило ироничный оттенок, если человек чем-то напоминал пёстрого животного.

Менее вероятно, хотя и возможно, происхождение фамилии от топонима Пеган. Так называется деревня в Макушинском районе Курганской области. В этом случае фамилия могла указывать на выходца из этого селения, но такая версия выглядит слабее: слишком узкая географическая привязка, тогда как прозвищная основа встречается в разных регионах.

Словообразовательная модель проста: к основе Пеган добавили типичный русский суффикс -ов, образующий фамилии от прозвищ и имён. Первоначально форма Пеганов означала «сын Пегана», то есть потомок человека с таким прозвищем. Со временем отчество закрепилось как наследственная фамилия.

Стоит добавить, что корень пег- дал жизнь и другим русским фамилиям — Пегашев, Пегачов, Пегин. Они образованы от тех же прозвищ, но с разными уменьшительными или экспрессивными суффиксами. Пеганов среди них — самая простая и прямая форма, без дополнительных оттенков. Судя по всему, предки носителей этой фамилии жили в среде, где ценили меткие наблюдения за внешностью и бытом, а прозвище, данное одному человеку, закреплялось за целым родом.