Фамилия Пегушин — редкий и выразительный памятник славянского прозвищного имени. Её основа — не календарное имя, а прозвище Пегуша, которое давали нашим предкам по характерной внешности. Это типичная модель русских фамилий: прозвище отца становилось фамилией его детей, отвечая на вопрос «чей ты?» — Пегушин, то есть сын, потомок Пегуши.

Корень здесь — славянское «пег», родственное слову «пегий». В русском языке «пегий» значит «пятнистый, крапчатый», а в словенском, например, «пегав» — «веснушчатый». Пегушей на Руси чаще всего называли лошадь пегой масти, но применительно к человеку прозвище указывало на особенности внешности. Скорее всего, так звали человека с заметными веснушками или следами оспы на лице. В этом смысле фамилия Пегушин — дальний родственник таких «цветовых» фамилий, как Рябов, Беляев или Чернышов, только с более редкой, «пятнистой» основой.

Степан Веселовский в своих ономастических записях приводит ранние примеры бытования этого прозвища: Власий Пегуш, крестьянин, 1495 год, Новгород; Никита Пегуш, кузнец, 1586 год, Новгород. Эти записи ценны: они показывают, что прозвище не было привязано к одному сословию — его носили и крестьяне, и ремесленники. А новгородская география подсказывает, что фамилия могла зародиться именно в северных русских землях, хотя окончательно утверждать это нельзя.

Фамилия закрепилась в XV–XVI веках, когда в среде богатых и служилых людей прозвища начали передаваться по наследству. Но у Пегушиных, судя по ранним записям, могли быть и более скромные корни: кузнец Никита Пегуш вряд ли принадлежал к знати, а значит, фамилия могла сформироваться и в посадской, ремесленной среде. Процесс этот был долгим и неравномерным, поэтому точное время и место возникновения фамилии Пегушин сейчас назвать сложно. Ясно одно: потомки человека, которого за веснушки или рябины на лице прозвали Пегушей, сохранили память о нём в своей фамилии, и эта память пережила столетия.