Фамилия Пегушева образована от прозвища Пегуша. В основе лежит прилагательное «пегий» — так на Руси называли пятнистый, пёстрый окрас, обычно у лошадей, реже у других животных или птиц. Слово «пегий» родственно глаголу «пёстрый» и древнему корню со значением «пятно, крапина». Прозвище Пегуша могло указывать на внешность человека: так могли назвать того, у кого лицо было в веснушках, или того, кто выделялся пёстрой, необычной одеждой. Но есть и другая, не менее убедительная версия — род занятий. Пегушей могли прозвать коневода или охотника, который разводил или выслеживал пегих лошадей — масть тогда ценилась по-особому, и человек, знавший в ней толк, получал меткое уличное имя.

Прозвище Пегуша закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии Пегушев. Модель образования простая и типичная для русских фамилий: к основе на -а добавили притяжательный суффикс -ев, который указывал на принадлежность потомку. Буквально фамилия означала «сын Пегуши», «из рода Пегуши». Форма Пегушева — женский вариант той же фамилии, который закрепился за женщинами как наследуемый.

Стоит заметить, что фамилия эта редкая, и её географическая привязка неочевидна. В отличие от массовых фамилий вроде Иванов или Кузнецов, Пегушевы встречаются точечно, и в каждом регионе носители могли иметь своего предка с одинаковым прозвищем, независимо друг от друга. Поэтому искать единого родоначальника всех Пегушевых не приходится — скорее, это несколько разных родов, получивших одинаковую фамилию по сходному признаку.

Дополнительный оттенок добавляет суффикс -уш-. Он придаёт прозвищу ласкательный, уменьшительный оттенок: Пегуша — это не просто «пегий», а «пегонький», свой, близкий человек. Такие формы часто использовались в быту для своих, а не для чужих, что говорит о тёплом отношении к основателю фамилии. Потомок человека, обладающего прозвищем Пегуша, со временем получил фамилию Пегушев, и она по сей день хранит память о том, каким видели предка окружающие — рябым ли, пёстро одетым или знатоком пегих лошадей.