Фамилия Пекелис — редкий для русского уха пример, который почти наверняка имеет еврейское происхождение. В отличие от большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов, -ев или -ин, Пекелис заканчивается на -ис, что указывает на характерную литовско-еврейскую (литвакскую) модель. Такие фамилии часто заканчиваются на -ис, -ас, -ус, потому что их записывали в документах на литовский или польский манер, адаптируя еврейскую основу к местной грамматике.

В основе фамилии лежит идишское слово «пекл» (פּעקל) — «узел», «свёрток», «тюк». Это слово могло быть прозвищем человека, который занимался перевозкой или упаковкой товаров, работал извозчиком или мелким торговцем, носившим товар в узлах. В местечках Восточной Европы такие прозвища давали по роду занятий, и они легко закреплялись как фамилии. Суффикс -ис в данном случае выполняет роль притяжательного или просто фамильного окончания: Пекелис буквально означает «тот, кто связан с узлом» или «сын человека с узлом».

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с польским словом «piekło» (ад) или «piekielny» (адский). Но для такого толкования нет убедительных лингвистических оснований — фамилия Пекелис не встречается в польской антропонимике с подобным значением, а переход от «пекло» к «Пекелис» выглядит искусственным. Поэтому версия с «пекл» (узел) остаётся основной и логичной.

Географически фамилия Пекелис тяготеет к Литве и Беларуси — регионам, где в XIX веке жили литваки. После волн эмиграции конца XIX — начала XX века носители фамилии рассеялись по США, Израилю и Южной Африке. В России эта фамилия встречается редко, и почти всегда её носители — потомки тех, кто переехал из черты оседлости. В дореволюционных документах могли встречаться варианты написания через «э» — Пекэлис, что отражает произношение на идише.

Социально предки Пекелисов, скорее всего, были ремесленниками или мелкими торговцами — людьми, чья жизнь была связана с перемещением грузов и товаров. В отличие от фамилий, указывающих на учёных или раввинов (например, Кац или Рабинович), Пекелис — фамилия «рабочая», прозрачно описывающая занятие. Никаких известных исторических личностей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что типично для фамилий простых людей, не попавших в элиту.