Фамилия Пекишев — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все прочие версии. Основной корень здесь — «пекиш», и почти все словари русских говоров указывают на одно значение: так в пермских и вятских диалектах называли печного или горшечного мастера, а иногда просто того, кто возится с печью. Суффикс -ев указывает на стандартную патронимическую модель: Пекишев — сын Пекиша, то есть человека, известного под прозвищем Пекиш.

Менее вероятная, но допустимая версия выводит фамилию из тюркского имени Пекиш (вариант Бекеш) — в татарской и башкирской среде такие имена встречаются, и означают они «крепкий» или «твердый». Однако против этой версии говорит география: основная масса носителей фамилии Пекишев исторически сосредоточена в северных русских регионах — в Вологодской, Кировской, Пермской областях, где тюркское влияние было минимальным. Там слово «пекиш» как раз и было в ходу.

Само прозвище Пекиш образовано от глагола «печь» с помощью редкого уменьшительно-профессионального суффикса -иш, который встречается в северных говорах (ср. «вариш» — повар, «топориш» — плотник). Фамилия, таким образом, недвусмысленно указывает на занятие предка: он был печником, горшечником или, возможно, хлебопеком. В отличие от более распространенных Печниковых или Пекаревых, Пекишевы сохранили в фамилии именно диалектное, локальное слово, что делает ее ценным маркером для историков севернорусского быта.

Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или посадская — профессиональные прозвища редко закреплялись за дворянством. В документах XVIII–XIX веков Пекишевы встречаются в основном среди государственных и экономических крестьян Вятской губернии. Если искать однокоренные параллели, то ближе всего стоят фамилии Пекишевский и Пекишов — последняя может быть просто вариантом написания, закрепившимся в другом говоре.