Фамилия Пескишев образована по типичной для славянских фамилий модели: от личного прозвища или мирского имени Пескиш с помощью патронимического суффикса -ев, указывающего на принадлежность потомку этого человека («сын Пескиша»). Это один из древнейших и самых распространённых способов формирования фамилий, когда имя или прозвище отца закреплялось за его детьми и внуками.

Основа фамилии восходит к нарицательному слову «пескиш» (или «пескыш»), которое в старину бытовало в поморских говорах. Так называли пескаря — мелкую речную рыбу, известную своей подвижностью и юркостью. Прозвище Пескиш, скорее всего, получал человек невысокого роста, но проворный и шустрый, в характере которого окружающие улавливали сходство с этой рыбкой. Впрочем, возможно и другое объяснение: Пескиш могло быть не прозвищем, а мирским именем, которое давали ребёнку до крещения. В языческой традиции такие имена от животных или растений давали с определённым умыслом: родители верили, что природа воспримет младенца как своего, а вместе с именем к нему перейдут и полезные качества выбранного существа — например, та же ловкость и быстрота.

Со временем прозвище или мирское имя закрепилось за человеком как основное именование, а затем перешло на его потомков в форме фамилии Пескишев. Таким образом, носитель этой фамилии — потомок человека, которого в своём окружении знали как Пескиша.

Стоит отметить, что фамилия Пескишев — довольно редкая, и её географическая привязка, вероятно, связана с северными русскими землями, где были распространены поморские говоры. Впрочем, процесс формирования фамилий был длительным и не всегда ограничивался одной местностью, поэтому окончательные выводы о точном времени и месте возникновения этой фамилии возможны только после серьёзных генеалогических изысканий, в том числе с привлечением архивных документов и данных переписей.