Фамилия Пекорин — довольно редкая и, на первый взгляд, загадочная. Её основа — «пекора» — сразу наводит на мысль о чём-то съедобном или печном, но это неверный след. На самом деле, перед нами типичный пример фамилии, образованной через суффикс -ин от прозвища, оканчивающегося на -а. Такая модель в русском языке указывала на принадлежность: «чей сын?» — Пекорин, то есть сын (или потомок) Пеко́ры.

Ключевой вопрос — что означало само прозвище Пекора. Самая вероятная версия отсылает к диалектному слову «пе́кор» или «пе́кора», которое в некоторых русских говорах (особенно северных и уральских) означало «запорожец», «казак» или, шире, «бродяга», «гуляка». Слово это, в свою очередь, могло быть заимствовано из украинского или польского языка, где «пекорный» значило «пеший», «бедный», «не имеющий коня». Таким образом, Пекориным могли прозвать человека, который пришёл откуда-то с юга, был пешим странником или носил характер вольного казака.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — связь с диалектным глаголом «пекорять», то есть «ворчать», «брюзжать». В этом случае прозвище Пекора дали бы сварливому, недовольному человеку. Однако эта гипотеза слабее, так как глагол встречается реже, чем существительное.

Фамилия Пекорин не принадлежит к числу дворянских или старых боярских. Скорее всего, она сложилась в крестьянской или мещанской среде на севере России или в Приуралье, где были распространены диалектные слова на -ора/-ёра. Важно не путать её с литературным «Печориным» из романа Лермонтова: герой носил фамилию по названию реки Печора, и это совсем другая история. Пекорин же — фамилия народная, прозвищная, и её носители, вероятно, были людьми неоседлыми, вольными или просто с непростым характером.