Фамилия Пекулин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа — «пекул» — не встречается в современных словарях в качестве самостоятельного слова, поэтому разбирать фамилию нужно через словообразовательную модель и возможные прозвищные корни.

Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ин. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей?» — Пекулин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пекула. Такие фамилии типичны для северных и центральных областей России, где -ин был основным патронимическим формантом наравне с -ов.

Корень «пек-» сразу наводит на мысль о глаголе «печь» или существительном «пекарь». Но в фамилии стоит не «Пекалин», а «Пекулин» — с гласной «у». Это может быть диалектное или искажённое произношение. В северных говорах, особенно в архангельских и вологодских, слово «пекул» могло обозначать нечто испечённое, небольшой хлебец или лепёшку. Тогда Пекулин — потомок того, кто пёк или торговал такой выпечкой, то есть ремесленная фамилия.

Есть и другая версия, менее очевидная. В некоторых русских диалектах «пекула» — прозвище для человека с неспокойным, «горячим» характером, от глагола «печься» в переносном смысле — «суетиться, гореть на работе». В этом случае фамилия отражает не профессию, а поведение предка. Такой тип прозвищных фамилий (на -ула) встречается реже, но вполне возможен: ср. «вертула», «крикула».

Третья версия — от тюркского или финно-угорского корня, но она слабая. Фамилия не имеет типичных тюркских суффиксов, а в прибалтийско-финских языках слова, похожие на «пекули», не дают убедительной семантики. Поэтому версия с русским диалектным происхождением выглядит предпочтительнее.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна или В. Никонова) Пекулин не упоминается — это говорит о его локальном бытовании. Скорее всего, фамилия возникла в одной из северных губерний и не получила широкого распространения. Носителей Пекулиных сегодня немного, что подтверждает её редкость и узкую географическую привязку.