Основой фамилии Пелагин послужило церковное имя Пелагий. Пелага — уменьшительная форма имени Пелагий (в просторечии Пелагей), которое в переводе с греческого означает «морской». Менее правдоподобной кажется версия, согласно которой фамилия Пелагин восходит к женскому варианту этого имени — Пелагея. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пелага, со временем получил фамилию Пелагин.