Основой фамилии Пелагейкин послужило церковное имя Пелагий. Пелагейка — уменьшительная форма имени Пелагий (в просторечии Пелагей), которое в переводе с греческого означает «морской». Менее правдоподобной кажется версия, согласно которой фамилия Пелагейкин восходит к женскому варианту этого имени — Пелагея. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пелагейка, со временем получил фамилию Пелагейкин.