Фамилия Пелагин звучит как отчество, и это действительно её основа. В основе лежит мужское каноническое имя Пелагий (в народной, просторечной форме — Пелагей), которое пришло на Русь из греческого языка и означает «морской». От этого имени образовали краткую, уменьшительную форму Пелага, а уже от неё, по классической модели русских фамилий, появилось притяжательное прилагательное «Пелагин», то есть «сын Пелаги». Так что первый носитель фамилии был, скорее всего, потомком человека, которого в обиходе звали Пелагой.

Менее правдоподобной выглядит версия, возводящая фамилию к женскому имени Пелагея. Если бы фамилия произошла от него, она имела бы форму Пелагеин или Пелагеев, а форма Пелагин прямо указывает на мужскую основу. Поэтому версия с мужским именем Пелагий — основная и наиболее логичная с точки зрения словообразования.

Интересно, что имя Пелагий на Руси встречалось реже, чем его женский аналог Пелагея, который был очень популярен среди крестьян и купечества. Однако именно мужская форма дала жизнь этой фамилии. О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XVI по XIX век, и в каждом регионе он шёл своим темпом. Сначала отчества закрепились за боярами и дворянами, затем — за посадскими людьми, и лишь потом — за крестьянами. Фамилия Пелагин, как и тысячи других, застыла в тот момент, когда внук или правнук Пелаги перестал называться «Пелагин сын» и получил это слово как наследственное родовое имя.

Несмотря на кажущуюся простоту, фамилия Пелагин — заметный памятник славянской письменности и культуры. Она сохранила в себе редкую для сегодняшнего дня форму имени, которая в живой речи почти исчезла, но продолжает жить в фамилии, напоминая о своих древних греческих корнях и о человеке, который когда-то носил это имя.