Фамилия Пелагин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Пелагин послужило церковное имя Пелагий. Пелага — уменьшительная форма имени Пелагий (в просторечии Пелагей), которое в переводе с греческого означает «морской». Менее правдоподобной кажется версия, согласно которой фамилия Пелагин восходит к женскому варианту этого имени — Пелагея. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Пелага, со временем получил фамилию Пелагин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пелагин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пелагин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.