Фамилия Пелипцов — редкий случай, когда корень не бросается в глаза, но при ближайшем рассмотрении оказывается вполне прозрачным. В основе лежит имя Пелип, которое представляет собой народную, разговорную форму канонического имени Филипп. В русских говорах, особенно на юге и западе, начальное «ф» часто заменялось на «п», а «и» и «е» могли меняться местами или сливаться: так Филипп превращался в Пилип, а затем и в Пелип. Это типичная диалектная черта, закрепившаяся в фамилии.

Суффикс -цов указывает на модель образования, характерную для русских фамилий от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -ц. В данном случае исходная форма — Пелипец (то есть «сын Пелипа»). Суффикс -ец в прозвищах и отчествах часто означал принадлежность или уменьшительность, а последующее прибавление -ов дало стандартное притяжательное значение: «чей? — Пелипцов», то есть потомок человека по прозвищу или имени Пелипец. Иногда фамилию могли записать и как Пелипцев — это вариант, возникший из-за чередования «ц/ч» в произношении, но форма Пелипцов исторически первична.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где имя Пилип (Филипп) было особенно распространено. Встречается она нечасто, что неудивительно: фамилии от народных форм имен всегда уступают по численности вариантам от полных канонических имен. Предок носителя фамилии, скорее всего, был крестьянином или ремесленником, которого в быту звали Пелипом или Пелипцем — так имя закрепилось за его родом.

Словообразовательная цепочка здесь проста: Филипп → Пелип (народная форма) → Пелипец (отчество/прозвище) → Пелипцов (фамилия). Никакой загадки, только живая народная фонетика, сохранившаяся в нескольких буквах.