Фамилия Пенегин — один из тех случаев, когда за простым звучанием скрывается сразу несколько возможных историй, и выбрать единственную не всегда просто. Самое очевидное, что бросается в глаза, — это основа «Пенег-» и суффикс «-ин», типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или личных имён, оканчивающихся на -а/-я.

Первый и наиболее вероятный путь — происхождение от прозвища Пенега. В русских говорах слово «пень» имело не только прямое значение, но и переносное: упрямого, неподатливого человека или того, кто «стоит как пень». Форма «Пенега» могла возникнуть как ласкательный или, наоборот, уничижительный вариант от «пень» (сравните: «пенёк» — «пенега»). Тогда Пенегин — буквально «сын Пенеги», потомок человека, которого прозвали за твёрдость или медлительность. В пользу этой версии говорит и то, что фамилии на «-ега» (как Серега, Дорога) встречаются в северных и центральных русских областях.

Вторая версия — от имени или прозвища, связанного с деньгами. В старину слово «пенязь» (от лат. penna через польское посредство) означало мелкую монету. В диалектах могла существовать форма «пеняга» или «пенега» — человек, имеющий дело с деньгами: меняла, сборщик податей или просто тот, кто прижимист. Фамилия Пенегин в таком случае — указание на род занятий предка или на его характерную черту, связанную с бережливостью.

Третья, менее распространённая гипотеза — связь с гидронимом или топонимом. На карте России есть несколько небольших рек с названием Пенега (например, в бассейне Северной Двины), а также деревни Пенегино в Вологодской и Кировской областях. В этом случае фамилия могла возникнуть у крестьянина, переселившегося с реки Пенеги или из села Пенегино. Однако для такой версии нужны документальные подтверждения, которых в открытых источниках по фамилии Пенегин пока немного.

С точки зрения словообразования, фамилия Пенегин — классический патроним на «-ин», что характерно для крестьянской и мещанской среды XVIII–XIX веков. Дворянских родов с такой фамилией в исторических списках не зафиксировано. Наиболее вероятная среда бытования — северные и центральные губернии России, где диалектная лексика сохраняла формы вроде «пенега». Если ваш предок носил эту фамилию, скорее всего, он был либо крестьянином, либо посадским человеком, а его прозвище говорило о характере или занятии.