Фамилия Пенжеров — редкая, и её значение раскрывается через разбор словообразовательной модели. Основа «Пенжер» в русских говорах не встречается, что сразу указывает на иноязычный корень. Скорее всего, это вариант фамилии, образованной от прозвища, которое восходит к польскому или украинскому слову «пендзер» — так называли накладчика, вымогателя, а в переносном смысле — навязчивого человека. В польском языке «pędzer» (от глагола «pędzić» — гнать, понукать) могло означать погонщика, подгоняльщика. При переходе в русскую среду звук «д» перед «з» часто выпадал или заменялся на «ж», что дало форму «Пенжер».

Суффикс «-ов» указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ или профессий отца: «чей?» — Пенжеров, то есть сын Пенжера. Если бы фамилия была польской, она имела бы окончание «-ский» или «-ович», но здесь мы видим обрусение — фамилию адаптировали по русскому образцу.

Версия о происхождении от названия населённого пункта маловероятна: топонимов «Пенжер» или похожих на карте нет. Также не стоит связывать фамилию с тюркскими корнями — основа «пенж» нехарактерна для тюркских языков. Таким образом, наиболее правдоподобное объяснение: предок носителя фамилии был человеком, который подгонял, торопил других — возможно, погонщик скота, пристав или сборщик податей, получивший такое прозвище за характер работы или поведения.

Фамилия Пенжеров крайне редка. Встречается в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где в XIX веке оседали выходцы из Польши и Украины. Это косвенно подтверждает западное происхождение основы. Носители фамилии, вероятно, были крестьянами или мещанами, так как дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.