Фамилия Пеприн — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Сразу отметаем версию о связи с именем Пётр: для фамилии Петрин существует суффикс -ин, но Пеприн — другой случай. Основа здесь — «пепр-», и самый вероятный её источник — диалектное или искажённое прозвище.

В русских говорах слово «пе́пел» могло звучать как «пепел» или «попел», но встречались и формы с заменой гласных. Однако ближе к делу: в основе Пеприн лежит, скорее всего, вариант слова «пепер» или «пепрь» — так в некоторых областях называли перец. Прозвище Перец или Пепер мог получить человек с острым языком, вспыльчивый, либо, наоборот, торговец пряностями. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пеприн — сын или потомок человека по прозвищу Пепер (Пепрь). Фонетически переход «Пепер» → «Пеприн» объясним: при добавлении суффикса произошло стяжение, выпала гласная.

Вторая, менее вероятная гипотеза — связь с греческим именем Петр через украинское или белорусское посредничество. В этих языках имя могло звучать как «Пепер» (с мягким «р»), и фамилия Пеприн тогда — вариант Петрина, но с изменённой основой. Ономасты, например Б. Унбегаун, отмечают, что фамилии на -ин часто образовывались от имён, но в случае Пеприн форма без «т» в корне делает эту версию слабой.

География фамилии неширокая: Пеприны встречаются в центральных и южных регионах России, единичные записи есть в архивах Воронежской и Тамбовской губерний. В сословном отношении это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: модель образования на -ин типична для непривилегированных слоёв, а редкое прозвище указывает на локальное происхождение.

Итог: Пеприн — фамилия от прозвища Пепер (перец), данного по характеру или роду занятий. Редкая, но с прозрачной для этимолога внутренней формой.