Фамилия Пердолина — женская форма, а мужская, Пердолин, встречается реже. В основе её лежит не литературное, а диалектное или просторечное слово, что сразу указывает на народное происхождение прозвища. Самая прямая и очевидная версия: от глагола «пердолить» — в некоторых русских говорах так называли медленную, нудную работу, возню, а также игру на гудящем инструменте вроде волынки или гудка. Прозвище Пердоля могли дать либо нерасторопному, копотливому человеку, либо, напротив, музыканту, который «пердолил» на свадьбах.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пердолина — «дочь (или жена) Пердоли». Такая модель образования характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей, где прозвища часто фиксировали бытовую черту или занятие.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с тюркским корнем «перде» — занавес, штора, или с искажённым «берд» (дар). Но для этого пришлось бы допустить, что основа прошла через несколько этапов переосмысления, что для редкой фамилии нехарактерно. Правдоподобнее считать Пердолина исконно русским прозвищем, образованным от звукоподражательного глагола, который в диалектах мог и не нести грубо-бранного оттенка, а обозначать конкретное действие — например, гудение или бурчание.

Географически фамилия фиксируется в основном на юге России и в Поволжье, что совпадает с ареалом бытования слова «пердолить» в значении «играть на дудке» или «делать кое-как». Встречается она редко, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, от одного прозвища в конкретной деревне или слободе.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Пердунов, Пердюков показывает, что все они относятся к пласту «бытовых» прозвищ, которые в XIX веке при записи в метрические книги нередко смягчали или меняли, но Пердолин устоялся именно в таком виде. Никакого отношения к итальянскому городу Перуджа или фамилии Перуджини он не имеет — это случайное внешнее сходство.