Фамилия Пердяхов — редкий случай, когда корень слова не просто неочевиден, а намеренно искажён или затемнён. В ней слышится нечто неблагозвучное, но на самом деле перед нами, скорее всего, результат фонетических изменений, а не прямое указание на физиологический процесс. Если отбросить позднее народное переосмысление, основа фамилии — «Пердя» — могла быть краткой формой от крестильного имени Перфилий (греч. Порфирий — «пурпурный, багряный»). В русских говорах, особенно на севере и в Поволжье, имя Порфирий нередко редуцировалось до «Перфил», «Перша», а затем и до «Пердя» — через упрощение группы согласных и замену звуков.

Суффикс «-ов» стандартно указывает на принадлежность: Пердяхов — сын Пердяхи, то есть человека, которого в быту звали Пердяхой. Форма «Пердяха» — это не прозвище, а ласкательно-уничижительный вариант имени Пердя (аналогично: Степан — Степаха, Иван — Иваха). Таким образом, фамилия образована по продуктивной модели от производной формы канонического имени, и её исходный смысл — «сын Порфирия», а не что-то иное.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «пердеть» в значении «пыхтеть, тяжело дышать» или «лениво делать что-то». В некоторых говорах «пердяхой» могли назвать медлительного или ворчливого человека. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвища с таким корнем обычно давали с более грубой прямой мотивацией, а фамилии от них закрепились бы в более простой форме (Пердеев), а не через сложный переход «Пердяха».

Географически фамилия Пердяхов встречается крайне редко, преимущественно в центральных областях России и в Зауралье. Она не попала в массовые списки дворянских родов или купеческих династий — это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая в среде, где имя Порфирий было распространено, а его бытовые варианты не считались оскорбительными. Сегодняшние носители фамилии могут с уверенностью возводить её к имени Порфирий, а не к случайному созвучию.