Фамилия Пердякин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. Корень здесь — «перд», который в древнерусском языке и диалектах означал звук выпускаемого кишечного газа. Прозвище Пердяка могли дать человеку с характерным недугом или просто грубоватому, нестеснительному в поведении. Никакой другой, более благородной этимологии у этой фамилии нет: все попытки вывести её из тюркских или финно-угорских корней — натяжки, которые не подтверждаются ни фонетикой, ни географией.

Фамилия образована по стандартной русской модели: прозвище Пердяка + патронимический суффикс -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Пердяки». Форма на -ин, а не на -ов, типична для основ, оканчивающихся на -а или -я. Встречается также вариант Пердяков — он чуть более поздний, возник под влиянием общей тенденции унификации фамилий на -ов.

Географически фамилия Пердякин тяготеет к северным и центральным губерниям России — Вологодской, Костромской, Вятской. В этих краях прозвища, связанные с телесными отправлениями, не считались чем-то из ряда вон выходящим и фиксировались в писцовых книгах и ревизских сказках наравне с другими. Например, в документах XVII века встречаются крестьяне с прозвищами Пердун, Пердяй, что подтверждает бытовую укоренённость таких имён.

Социально фамилия почти наверняка крестьянская. Дворянских родов с фамилией Пердякин не зафиксировано — в «Бархатной книге» и других родословных списках её нет. Это не значит, что носители были людьми второго сорта; просто фамилия осталась в низовых слоях общества, где прозвища давали по яркой внешней или поведенческой черте, не заботясь о благообразии.

Сегодня фамилия встречается редко, но не исчезла. По данным открытых телефонных справочников, несколько десятков семей с фамилией Пердякин живут в Пермском крае, Кировской области и на Урале. В современном контексте фамилия звучит комично, но для историка — ценный маркер народной антропонимии, не знавшей сословных фильтров.