Фамилия Перегородеев звучит громоздко, но её устройство прозрачнее, чем кажется. В основе лежит слово «перегород», которое в русских говорах имело несколько значений: перегородка в доме или амбаре, разделяющая часть строения, а также — переносно — человек, который «перегораживает», мешает, спорит или вносит раздор. Скорее всего, прозвище Перегород дали либо плотнику, мастеру по внутренним перегородкам, либо человеку с неуживчивым характером, который постоянно вставал поперёк.

Суффикс -еев указывает на патронимическую модель: Перегородеев — сын Перегородея. Форма на -ей, а не на -ов, встречается реже и часто связана с прозвищами, оканчивающимися на мягкий согласный или -ей. Если бы фамилия образовалась от слова «перегородка», мы бы ожидали Перегородков или Перегородочкин. Вариант Перегородеев закрепился именно от личного прозвища Перегородей, где суффикс -ей придавал оттенок деятеля или носителя признака.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям — Курской, Орловской, Тамбовской губерниям. Там слово «перегород» бытовало в значении «забор», «плетень», и прозвище могло получить крестьянин, занимавшийся устройством изгородей. В переписных книгах XVII века встречаются однокоренные фамилии Перегородов, Перегородин, но Перегородеев — более редкий вариант, сохранивший архаичную суффиксальную форму.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с топонимом Перегороды (такого села в известных источниках нет), но это маловероятно: суффикс -еев чётко указывает на отчество, а не на принадлежность к местности. Социально фамилия почти наверняка крестьянская или посадская — дворянские роды с таким окончанием редки и обычно имеют другую основу.

Таким образом, Перегородеев — это «сын человека по прозвищу Перегород», а само прозвище, скорее всего, описывало либо занятие (строитель перегородок), либо черту характера (упрямец, спорщик).