Фамилия Перегородов произошла от названия человека — Перегород. В основе лежит слово «перегород» в значении «перегородка, разделяющая преграда». Скорее всего, так в народе прозвали того, кто жил за перегородкой, в отгороженной части дома или селения. В крестьянском быту перегородками делили избы на несколько помещений, и прозвище могло закрепиться за человеком, чья лавка или спальное место находилось за такой стенкой. Менее вероятная, но возможная версия — прозвище строителя или плотника, который ставил перегородки.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Перегородов — сын Перегорода. Фамилия образована по той же схеме, что и тысячи других русских фамилий от прозвищ, но её основа встречается редко. В отличие от массовых фамилий от названий профессий (Кузнецов, Плотников) или от крестильных имён (Иванов, Петров), Перегородов происходит от бытового, ситуационного прозвища, которое давали по месту или особенности жилья.

Интересно, что фамилия имеет варианты с тем же корнем: Перегородский, Перегородцев, Перегородкин. Все они образованы от одного корня, но разными суффиксами. Перегородов — самая «стандартная» по форме, без дополнительных суффиксов -ск- или -к-, что говорит о её раннем закреплении, возможно, ещё в XVI–XVII веках, когда прозвища на -ов становились фамилиями у крестьян и посадских людей.

Географически фамилия встречается преимущественно в центральных и южных областях России, особенно в Волгоградской и Ростовской областях. В документах XVIII–XIX веков Перегородовы фиксируются среди однодворцев и государственных крестьян — то есть предки были не крепостными, а лично свободными земледельцами. Это важно: фамилия не дворянская, не купеческая, а народная, крестьянская, сохранившая в основе бытовую деталь старого русского дома.