Фамилия Перемонина — редкий случай, когда на первый план выходит не корень, а суффикс. В русской ономастике есть две основные модели: фамилии на -ов/-ев и -ин. Первые образуются от основ на согласный (Петров, Иванов), вторые — от основ на -а/-я (Птицын, Кузьмин). Фамилия Перемонина стоит особняком: её окончание -ина указывает на женскую форму, но сама фамилия закрепилась именно в таком виде. Это значит, что перед нами либо «матроним» — фамилия, образованная от женского имени или прозвища матери, либо вариант, где суффикс -ин присоединился к основе, оканчивающейся на -а, но в мужском роде фамилия звучала бы как Перемонин.

Основа «Перемон-» восходит к прозвищу или нецерковному имени Перемона. В говорах слово «перемонить» означало «переманить, перезвать, сманить» — например, работника с одного места на другое. Прозвище Перемона могли дать человеку верткому, умевшему уговаривать и перетягивать людей на свою сторону. Вполне вероятно, что предок носителя фамилии был ловким переговорщиком или даже скоморохом, зазывавшим публику. Есть и более редкая версия: в некоторых диалектах «перемона» — это пересмешник, человек, который передразнивает.

Фамилия явно недворянская: суффикс -ин в чистом виде типичен для крестьянского и посадского населения, особенно в северных и центральных губерниях России. Встречаемость фамилии низкая, что говорит о её локальном происхождении — скорее всего, из одного-двух сёл, где прозвище Перемона дали одному человеку, а его дети уже стали Перемониными. В современных базах данных фамилия фиксируется в основном в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её севернорусские корни: именно оттуда шли потоки переселенцев.

Словообразовательная модель здесь нестандартная: обычно от прозвища на -а образуют фамилию на -ин (Гриша — Гришин), но в данном случае ударение падает на последний слог, что сближает её с фамилиями украинского или белорусского типа. Впрочем, в русской среде такое ударение тоже встречается — как вариант, фамилия могла возникнуть от женского имени Перемона, которое в свою очередь является народной формой греческого имени Парамона (от греч. παραμονή — «пребывание, постоянство»). Тогда Перемонина буквально означает «дочь Перемоны» — матроним, что для русских фамилий редкость, но не исключение.