Фамилия Перемота — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия и не географическое название, а глагольная форма, застывшая в повелительном наклонении. Перед нами так называемая «командная» фамилия, образованная от глагола «перемотать» в форме «перемотай» (с утратой конечного -й). В старину такие прозвища давали людям с яркой, часто ироничной характеристикой: «Перемота» мог означать человека, который постоянно что-то мотает, сматывает, перевязывает — возможно, нерадивого работника, который делает дело дважды, или, наоборот, дотошного мастера, перематывающего нить заново для прочности.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий. В отличие от преобладающих -ов/-ев, -ин, -ский, фамилия Перемота сохранила чистую основу прозвища без суффикса принадлежности. Такие бессуффиксные фамилии характерны для украинской и южнорусской традиции, где прозвище часто переходило в фамилию напрямую. Сравните: Непейвода, Убейконь, Держидерево. Перемота стоит в том же ряду — это не столько указание на род занятий, сколько живая характеристика, закреплённая за конкретным человеком.

Вероятно, первоначальное прозвище относилось к ремесленнику, связанному с нитью, верёвкой или тканью. Перемотка — операция в ткачестве, прядении, плетении сетей. Мастер, который перематывал пряжу с одного веретена на другое, мог получить прозвище Перемота. Однако не исключён и бытовой, не ремесленный смысл: так могли прозвать суетливого, непоседливого человека, который «мотается» туда-сюда, или, напротив, того, кто любил перематывать, переделывать работу по нескольку раз.

География фамилии указывает на южные и центральные регионы России, а также на восток Украины. Встречается она нечасто, что подтверждает её происхождение от локального прозвища, а не от массовой модели. В дореволюционных переписях носители фамилии Перемота фиксировались в основном среди крестьян и мещан — сословий, где прозвища такого типа были особенно живучи и передавались по наследству без изменений.

Ономастический словарь Б. Унбегауна относит подобные фамилии к группе «искусственных» или «командных», подчёркивая их разговорное, часто шутливое происхождение. Фамилия Перемота — не про родство, а про характер: предок был человеком заметным, получившим меткое прозвище, которое пережило его на несколько веков.