Фамилия Перепутька — яркий пример того, как топографическое прозвище превратилось в фамилию, сохранив при этом свой первоначальный, почти сказочный смысл. В отличие от более частых фамилий, образованных от названий деревень (Перепутьев, Перепутьевский), здесь мы видим суффикс -к(а), который в восточнославянской традиции чаще всего указывает на прозвище, а не на отчество или принадлежность к поместью. Человек по прозвищу Перепутка (или Перепутька) — это тот, кто жил на перепутье, на развилке дорог.

Основа фамилии прозрачна: «перепутье», то есть место, где дороги расходятся. В старину такие места имели особое значение. На перекрестках ставили часовни, кресты, там назначали встречи, но также с ними связывали и нечистую силу, и народные поверья. Прозвище Перепутька мог получить человек, чей дом или двор стоял на перекрестке, либо тот, кто часто ходил по разным дорогам — странник, торговец, ямщик.

Форма с окончанием -ка характерна для украинской, белорусской и южнорусской традиции. Если бы фамилия возникла в северных или центральных великорусских землях, она, скорее всего, звучала бы как Перепутьев или Перепутьин. Суффикс -к(а) в прозвищах часто несет оттенок уменьшительности или даже ироничной оценки, поэтому можно предположить, что прозвище дали не «важному» боярину, а простому крестьянину или ремесленнику.

Встречаются и более редкие версии, связывающие фамилию с глаголом «перепутать» (ошибиться, спутать дорогу). Тогда прозвище могло закрепиться за рассеянным человеком, который постоянно сбивался с пути. Однако эта версия менее вероятна: в ономастике прозвища от места жительства встречаются гораздо чаще, чем от случайных действий.

Фамилия Перепутька — редкая. Она не фиксируется в крупных дворянских родословных книгах и не встречается среди известных исторических деятелей. Это говорит о ее народном, крестьянском происхождении. Носители фамилии, вероятно, были выходцами из западных или южных регионов России, Украины или Беларуси, где топографические прозвища на -ка были особенно распространены.