Фамилия Перетрухи — редкий пример того, как суффикс -ин закрепился за основой, которая исторически к нему не предрасположена. В русской модели фамилии на -ин обычно образуются от основ на -а/-я (сын Ивана — Иванов, но сын Ильи — Ильин). Здесь же мы видим «Перетрух-а», и суффикс -ин кажется естественным. Однако основа «Перетрух» — мужского рода, и более логичной была бы фамилия Перетрухов. Почему же так вышло? Скорее всего, перед нами не отчество, а прозвищная фамилия, где -а на конце — не женское окончание, а диалектный вариант мужского имени или прозвища, который и потянул за собой суффикс -ин.

Корень здесь — «трух», от глагола «трухнуть» или «трухать», что в говорах означало «сыпаться, крошиться, ветшать», а в переносном смысле — «бояться, робеть». Прозвище Труха или Трух давали человеку несмелому, трусоватому, либо, наоборот, тому, кто «трухал» в значении «ехал рысцой» — неторопливому, неспешному. Приставка пере- могла усиливать признак («слишком трухлявый») или указывать на действие, доведённое до предела («перетрухнуть» — сильно испугаться). Таким образом, Перетруха — это человек, который «перетрухал», то есть перебоялся, или же тот, кого прозвали за излишнюю робость.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и восточной Украине. В курских, воронежских и ростовских говорах слово «труха» активно бытовало в значении «гниль, труха», а «перетруха» — «перегнившая солома». Это подсказывает и бытовую версию: прозвище мог получить крестьянин, занимавшийся переработкой соломы, или человек, живший в ветхом, «трухлявом» доме. В отличие от более частых фамилий на -ов, вариант на -ин сохранился в основном в тех местах, где прозвищная форма с окончанием -а была устойчивой и воспринималась как самостоятельное имя.

Сословный состав носителей, скорее всего, был исключительно крестьянским. Ни в дворянских родословных книгах, ни в купеческих гильдиях фамилия не зафиксирована — это говорит о её «низовой» природе. Перетрухи не были ни боярами, ни священниками; их предки — пахари, батраки или отходники, чьё прозвище отражало либо черту характера, либо занятие. В советское время фамилия не получила известных носителей в науке или культуре, что лишь подтверждает её локальный, «земляной» характер.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Трухин, Труханов, Перетрухов — показывает, что Перетрухи стоит особняком. Если Трухин мог произойти и от уменьшительного Труха (от Трофим), то здесь связь с прозвищем прямая и почти не замутнена каноническими именами. Это делает фамилию ценным источником для диалектологов: она сохранила редкий словообразовательный тип, который в центральных губерниях был вытеснен более стандартными моделями.