Фамилия Перетрухин образована от прозвища Перетруха. По одной из версий, оно ведет свое начало от глагола «перетирать» - «трением разделять на части, растирать». Вероятно, прозвище Перетруха относится к числу «профессиональных» именований, содержащих указание на род деятельности основателя фамилии: он мог быть мельником, строителем, трепальщиком льна и т.д. Возможно также, что прозвище этимологически связано с глаголом «перетрухать» - «сильно испугаться». В таком случае прозвище Перетруха, скорее всего, отражало особенности характера и поведения предка (робость, боязливость). Так и прозвище Перетруха закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Перетрухин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Перетруха, со временем получил фамилию Перетрухин.