Фамилия Перетряхин — один из тех случаев, когда за основу взято не имя, а яркое, почти бытовое прозвище. В её основе лежит глагол «перетряхать» или «перетрясти». В говорах это слово имело два основных значения. Первое — буквальное: перетрясти сено, солому, зерно, то есть проветрить или очистить. Второе — переносное, ироничное: человека могли прозвать Перетряхой за суетливость, привычку всё перекладывать с места на место, бестолковую хлопотливость. В некоторых диалектах «перетряха» — это ещё и пересуды, сплетни, так что прозвище могло закрепиться за любителем «перетрясти косточки» знакомым.

Словообразовательная модель здесь простая, но не самая частая. Прозвище Перетряха (с основой на -а) дало фамилию через суффикс принадлежности -ин: Перетряхин, то есть «сын Перетряхи». Форма на -ин типична для северных и центральных русских земель, где активно использовали прозвища, оканчивающиеся на гласный. Интересно, что фамилия не превратилась в более привычную «Перетряхов» — это указывает на то, что исходное прозвище звучало именно как Перетряха, а не Перетрях.

В писцовых книгах и ревизских сказках эта фамилия не относится к числу распространённых, что говорит о её локальном характере. Носители фамилии, скорее всего, происходят из среды крестьян или посадских людей Верхнего Поволжья или северных губерний. Ремесло предка могло быть связано с сельским хозяйством (перетряска льна или зерна) либо с торговлей (перетряска товара). Но не менее вероятно, что прозвище было чисто бытовым, характеризующим поведение.

Фамилия Перетряхин стоит в ряду таких же прозвищных образований, как Трясихин, Трясухин, Шевелёв, Булгаков (от «булга» — беспокойство). Общая черта этих фамилий — они фиксируют не профессию, а манеру поведения или черту характера, замеченную окружающими. Именно это делает Перетряхиных частью старой русской традиции давать фамилии по живому, меткому слову.