Фамилия Перетряхина — женская форма фамилии Перетряхин, и её разбор стоит начать с глагольной основы, которая сразу выдаёт прозвищное происхождение. В основе лежит глагол «перетряхивать» или «перетряхнуть» — то есть встряхивать, перебирать, приводить в порядок, встряхивая. Прозвище Перетряха могли дать человеку суетливому, непоседливому, который всё время что-то перекладывает, перебирает, или же, наоборот, аккуратному хозяину, который любит перетряхивать сено, одежду, зерно.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Перетряхин — сын Перетряхи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а, -я. В говорах слово «перетряха» могло означать и конкретное действие — например, повторный обмолот снопов или переборку зерна. В этом случае прозвище закрепилось за крестьянином, который занимался такой работой, или за человеком, получившим насмешливое прозвище за манеру постоянно что-то перетрясать.

Фамилия не относится к числу частых, её географическое бытование связано с центральными и северными регионами России, где глагол «трясти» и его производные были особенно употребительны. В ономастических справочниках эта фамилия почти не описана, что говорит о её локальном, а не аристократическом происхождении. Вероятнее всего, Перетряхины — потомки крестьян или ремесленников, и фамилия закрепилась в одном-двух уездах, а не распространилась широко по стране.

Спорных версий здесь немного: иногда основу ошибочно связывают с диалектным «петряха» (петух) или с именем Пётр, но фонетика против — начальное «пере-» слишком отчётливо. Самая правдоподобная трактовка — прозвище от действия, и она же самая простая.