Фамилия Перетрутова — редкий случай, когда её значение лежит на поверхности, но при этом скрывает неожиданный поворот. Основа фамилии — глагол «перетрутить», то есть перетереть, измельчить что-то в труху или пыль. Однако в прямом смысле так говорили не о человеке, а о действии: перетрутить табак, перетрутить сено. Прозвище Перетрут или Перетрута могли дать не тому, кто постоянно что-то тёр, а человеку с едким, язвительным характером — «перетёртому», то есть прошедшему огонь и воду, или же тому, кто «перетирал» кости другим, то есть сплетнику и скандалисту.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую модель образования фамилий от мужских прозвищ или имён. Однако здесь есть нюанс: форма Перетрутова (с окончанием -а) выдаёт женский вариант, но в русской традиции фамилия закрепилась как неизменяемая мужская, если носитель — мужчина. Скорее всего, изначально это было прозвище Перетрут, а потом, по правилам, от него образовали Перетрутов, а затем — Перетрутова как вариант записи в документах (например, в переписных листах могла быть зафиксирована вдова Перетрутова, и фамилия пошла от неё).

География фамилии узкая: Перетрутовы встречаются в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это косвенно подтверждает связь с диалектным словом «перетрут» — в южнорусских говорах так могли называть человека, который занимался перетиркой зерна на ручных жерновах или толокном. В отличие от фамилий, образованных от ремёсел (Мельников, Кузнецов), Перетрутова не указывает на профессию в полном смысле — скорее на подённую, черновую работу или на бытовую характеристику.

В ономастике фамилия не получила широкого освещения. Её нет в словаре Б. Унбегауна, но по словообразовательной модели она близка к фамилиям типа Перетрухин, Перетрушин, где корень тот же, а суффиксы разные. Разница в том, что Перетрутова сохранила более архаичную форму с отглагольным суффиксом -ут-, который в русских прозвищах встречается редко (сравните: Толкунов от «толочь», но не Толкутов). Это делает фамилию уникальной — она как бы законсервировала диалектное слово, которое в современном языке почти исчезло.