Фамилия Перифильева — женская форма, а её мужской вариант, Перифильев, восходит к редкому и неочевидному корню. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов), здесь основа не лежит на поверхности. Самое вероятное объяснение: в основе лежит греческое имя Перифил (Περίφυλος), которое в православных святцах встречается в форме Перифил или Перифилий. Имя это означает «окружённый листвой» или «обильно поросший» (от περί — «вокруг» и φύλλον — «лист»). На Руси такие имена давали редко, в основном в монашеской среде или в семьях, тяготеющих к книжной, греческой традиции.

Однако есть и более бытовая, прозвищная версия. В северных и сибирских говорах словом «перифил» могли называть нелюдимого, странного человека или, наоборот, того, кто «перифилит» — то есть суетится, мельтешит без толку. В этом случае фамилия могла закрепиться за человеком с заметной манерой поведения, а не за потомком святого. Второй вариант правдоподобнее для крестьянской среды, где греческие имена были редкостью, а прозвища — нормой.

Словообразовательная модель типична для русского севера и центра: суффикс -ев (после мягкого согласного «л») указывает на принадлежность — «сын Перифила» или «сын Перифилы» (если прозвище было женского рода). Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Перифи́льев. Фамилия встречается очень редко, в основном в старых переписях Вологодской и Архангельской губерний, а также среди старообрядцев, которые иногда сохраняли редкие дониконовские имена.

Если сравнивать с однокоренными, то ближайшая параллель — фамилия Перифилов, где суффикс -ов указывает на более твёрдую основу (возможно, от Перифил без смягчения). Перифильева стоит особняком: она хранит след древнего произношения, когда конечный «л» в имени смягчался. Социально фамилия почти наверняка крестьянская или мещанская, без дворянских корней — в родословных книгах она не фигурирует.