Основой фамилии Перфильев послужило церковное имя Перфилий. Фамилия Перфильев восходит к каноническому мужскому имени Перфилий. Это имя является греческим по происхождению и образовано от слова «porphyra» - «длинная пурпурная мантия, надеваемая монархами в торжественных случаях». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Перфилий, со временем получил фамилию Перфильев.