Фамилия Перфилов происходит от имени собственного, а точнее — от просторечной формы канонического мужского имени Порфирий. В древнегреческом языке это имя означало «длинная пурпурная мантия, которую надевали монархи в торжественных случаях». В русском обиходе имя Порфирий со временем превратилось в Перфил, и именно эта народная форма легла в основу фамилии.

Изменение, которое произошло со словом, лингвисты называют регрессивной диссимиляцией — расподоблением одинаковых звуков. Второе «р» в имени Порфирий заменилось на «л», чтобы избежать повторения. Похожий процесс мы видим в слове «февраль», которое произошло от латинского «februarius». Так что фамилия Перфилов — это не искажение, а естественное развитие языка, закрепившееся в родовом имени.

К этой же группе родственных фамилий относятся Пефильев, Перфирьев, Перфишин и Перхуров. Все они так или иначе восходят к одному корню, но разошлись в написании и произношении в разных говорах и семьях. Например, Перфирьев сохранил более близкую к исходнику форму, а Перхуров — результат дальнейшего упрощения.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Перфил добавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность. Первоначально Перфилов означало «сын Перфила», то есть потомка человека с таким именем. Такая схема была самой распространённой в России, поэтому фамилия встречается повсеместно, хотя её корни уходят в церковную традицию именования.

Точно сказать, когда и где впервые появилась фамилия Перфилов, сложно. Как и большинство русских фамилий, она закрепилась постепенно, когда крестьянские и посадские семьи начали передавать прозвание от отца к сыну. Можно лишь утверждать, что носители фамилии — потомки людей, которых в XV–XVII веках звали Порфириями, но в быту — Перфилами.