Фамилия Перфилова происходит от мужского имени Перфилий — просторечной формы канонического имени Порфирий. В древнегреческом языке porphyra означало «длинная пурпурная мантия, которую монархи надевали в торжественных случаях», так что имя указывало на царственное достоинство или, скорее, на пурпурный цвет как символ высшей власти.

В русском обиходе имя Порфирий не прижилось в исходном виде: народная речь перестроила его в более удобное для произношения Перфил. Замена второго «р» на «л» — это регрессивная диссимиляция, то есть расподобление двух одинаковых звуков, чтобы не повторять трудное сочетание. Тот же процесс мы видим в слове «февраль», которое пришло из латинского februarius.

От имени Перфилий образовался целый куст родственных фамилий: Перфильев, Перфирьев, Перфишин, Перхуров. Все они в конечном счёте восходят к одному источнику, но разошлись по разным ветвям из-за местных говоров и того, как писцы записывали имя в документах. Перфилова стоит в этом ряду особняком: суффикс -ов указывает на принадлежность потомку человека по имени Перфилий, то есть буквально «сын (или дочь) Перфилия».

Интересно, что фамилия сохранила именно женскую форму в названии, хотя по правилам русской ономастики Перфилов — исходная мужская, а Перфилова — форма жены или дочери. В современном употреблении обе формы равноправны, и носительница фамилии Перфилова может не задумываться о том, что её предок когда-то носил имя, связанное с пурпурной мантией византийских императоров.

Сам Порфирий — имя редкое даже в святцах: его носили несколько раннехристианских мучеников, но в крестьянской среде оно не получило широкого распространения. Поэтому фамилия Перфилова встречается нечасто, и её носители, скорее всего, происходят из семей, где имя передавалось по традиции или было дано в честь конкретного святого. Точно сказать, из какого региона пошла фамилия, сложно: без архивных данных по конкретной семье можно лишь утверждать, что она возникла в северорусских или центральных землях, где имя Перфил фиксировалось в писцовых книгах с XVI века.