Фамилия Перфилькин — редкий пример, когда за основу взято не полное крестильное имя, а его просторечная форма. В основе лежит имя Перфилий — народный вариант канонического имени Порфирий (от греческого «порфира» — пурпур, багряница). В русской бытовой традиции «Порфирий» превращался в «Перфирия» или «Перфила», а от последнего и пошло уменьшительное Перфилька.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Перфилькин буквально означает «сын Перфильки». Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён на -а/-я. Если бы фамилия строилась от полной формы, мы бы получили Перфильев или Перфилов, но именно суффикс -ин выдаёт разговорное, «домашнее» происхождение — предка звали не иначе как Перфилька.

В ономастических словарях эта фамилия не столь частотна, как, скажем, Перфилов, что делает её более локальной. Вероятнее всего, Перфилькины сконцентрированы в северных и центральных губерниях России — там, где имя Порфирий было распространено среди крестьян и мещан. В дворянской среде имя почти не встречалось, так что предки носителя фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие фамилию по имени отца в XV–XVII веках.

Любопытно, что в некоторых говорах «перфил» могло звучать иронично — так называли человека с пурпурным от природы или от загара лицом. Но основная версия остаётся церковной: за греческим Порфирием в русской деревне закрепилось простое Перфилька, а за ним — и фамилия.