Фамилия Перфирьев — редкий случай, когда церковное имя дало не одну, а целых две разные фамилии, и путаница между ними тянется до сих пор. В основе лежит крестильное имя Перфирий (от греческого «порфира» — багряница, пурпурная одежда). Но в русском быту это имя упростили до Перфир, а затем и до Перфил — отсюда пошли Перфильевы. Перфирьев же — это прямое, почти «книжное» образование от полной церковной формы Перфирий, как Иванов от Иоанн или Дмитриев от Димитрий.

Суффикс -ев (не путать с -ов) указывает на притяжательное значение: Перфирьев — «сын Перфирия» или «человек из рода Перфирия». Фамилия эта недворянская по происхождению: в старых писцовых книгах и ревизских сказках её носили в основном крестьяне, посадские люди и церковнослужители. В духовном сословии имя Перфирий было особенно распространено — его давали в честь святых, например, святителя Порфирия Газского. Поэтому среди священников и дьячков Перфирьевы встречались чаще, чем среди купцов или дворян.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным губерниям России: Архангельской, Вологодской, Вятской, а также к Поволжью. В южнорусских областях, где аканье сильнее, форму часто искажали в «Парфирьев» — и эта ветвь тоже существует, хотя и реже. В XIX веке фамилия могла записываться через «е» или «ё» — Перфирьев и Перфирьёв, но ударение почти всегда падает на второй слог: Перфи́рьев.

Спорный момент: некоторые исследователи ошибочно связывают Перфирьева с латинским «perfero» («переносить, терпеть») или с греческим «перфект». Это неверно — корень чисто календарный, имя Порфирий было в святцах, и фамилия просто передаёт его через патронимический суффикс. Единственная реальная путаница — с Перфильевым, но это уже другая фамилия, хотя и от того же корня.