Фамилия Перфицкая — женская форма фамилии Перфицкий, и её разумнее рассматривать в паре, поскольку основная словообразовательная нагрузка приходится на мужской вариант. В центре внимания здесь суффикс -цк-, который в русских фамилиях указывает на географическое происхождение (по модели «князь Оболенский» — из Оболенска). Однако в случае Перфицкого/Перфицкой связь с топонимом неочевидна: крупных населённых пунктов с корнем «Перфиц-» на карте России и Украины нет. Это наводит на мысль, что фамилия могла возникнуть не от названия села, а от прозвища или имени, оформленного «дворянским» суффиксом, что было распространено в среде духовенства и мещанства.

Основа «Перфиц-» почти наверняка восходит к каноническому имени Перфилий (церковная форма Порфирий, от греческого «порфира» — пурпур, багряница). В народном произношении имя трансформировалось: Порфирий → Перфирий → Перфил. Суффикс -иц- мог появиться как вариант для образования притяжательной формы (Перфица — «сын Перфила»), а затем к ней добавили -кий, что дало Перфицкий. Такая модель — от личного имени через промежуточное прозвище с суффиксом -иц- — встречается реже стандартных -ов/-ев, но не уникальна: ср. фамилии Курицын, Синицын, где основа тоже не топоним, а прозвище.

Есть и более прозаичная версия: фамилию могли дать по отцу — Перфица (уменьшительно-пренебрежительное от Перфил). В этом случае Перфицкий означает «тот, кто из рода Перфицы». Такие фамилии на -цкий нередко получали дети священников при поступлении в семинарию: им меняли фамилию на более благозвучную, часто искусственно удлиняя корень. Если предок был из духовного сословия, Перфицкий мог быть как раз семинарской фамилией, образованной от имени отца-священника.

Географически фамилия Перфицкая встречается в основном в западных регионах России и на Украине, что косвенно подтверждает польское или украинское влияние: суффикс -цкий типичен для шляхетских фамилий Речи Посполитой. В России такие фамилии часто носили выходцы из западнорусских земель. Таким образом, носительница фамилии Перфицкая с высокой вероятностью происходит из семьи, где предок либо был сыном Перфила, либо получил фамилию при переезде или поступлении в семинарию, а суффикс -цк- указывает на географическое или социальное «оформление» этой основы, а не на реальное владение землёй.