Фамилия Перфиев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается необычная основа. Она образована от имени Перфий, которое представляет собой народную, упрощённую форму канонического имени Порфирий. В русской бытовой традиции, особенно в крестьянской среде, сложные греческие имена часто «обрубали» и перекраивали на свой лад: Порфирий превращался в Перфила, Перфишу, а затем и в Перфия. От этого усечённого варианта и пошла фамилия с помощью стандартного патронимического суффикса -ев, указывающего на принадлежность: «сын Перфия».

Сам корень имени Порфирий означает «пурпурный, багряный» (от греческого «порфира» — пурпурная ткань). В античности и Византии пурпур был цветом императоров и высшей знати, поэтому имя считалось престижным, «царским». Однако в России его носителями были в основном простые люди, чаще всего крестьяне и духовенство, которые получали имя по святцам в честь святых Порфириев. Таким образом, фамилия Перфиев не несёт в себе прямого указания на знатное происхождение предка, а скорее отражает народное переосмысление церковного имени — звуковую адаптацию, типичную для северных и центральных губерний.

Интересно, что фамилия Перфиев встречается реже, чем её «полный» аналог Порфирьев. Это говорит о том, что её носители происходят из местности, где имя Перфий бытовало как самостоятельное, а не как редкое прозвище. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с этим именем, например, в переписных книгах Архангельской и Вологодской губерний. В отличие от фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я (Перфишин, Перфильев), вариант Перфиев прямо указывает на мужскую основу Перфий, что делает его словообразовательно прозрачным.

С точки зрения современной ономастики, Перфиев — типичная русская фамилия, которая, несмотря на редкий корень, стоит в одном ряду с такими, как Антипов (от Антип вместо Антипа) или Сидоров (от Сидор вместо Исидор). Она не имеет дворянской окраски и не связана с каким-либо ремеслом. Её главная ценность для историка — в сохранении живого, разговорного варианта имени, который почти исчез из употребления, но остался в фамилии.