Фамилия Перлеева — женская форма фамилии Перлеев, а та, скорее всего, образована от прозвища или нецерковного имени Перлей. На первый взгляд корень «перл» (от латинского perla — «жемчуг») намекает на что-то драгоценное, но в русском быту это слово закрепилось скорее как метафора: «перл» могли назвать чистого, блестящего человека, либо того, кто любил щегольнуть красивой речью (сравните с современным ироничным «перл» в значении «удачное выражение»). Однако есть и другая, менее очевидная версия: в южнорусских и украинских говорах «перло» или «перлей» могли называть грубого, упрямого человека (от «переть» — «напирать, ломиться»). В этом случае фамилия оказывается совсем не жемчужной, а скорее «напористой» по смыслу.

Суффикс -еев указывает на притяжательную модель: Перлеевы — это дети или потомки человека по имени или прозвищу Перлей. Такая форма характерна для фамилий, образованных от основ на -ей, -ай (сравните: Андреев, Матвеев). Географически фамилия редкая, встречается точечно: в основном в центральных областях России и в Поволжье, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не «драгоценное» происхождение — фамилии от названий дорогих камней в русской традиции почти не давали простым людям.

Если отталкиваться от версии с «жемчугом», то предок мог быть ювелиром, торговцем жемчугом или просто человеком с прозвищем Перл — например, за светлые волосы или белые зубы. Если же верна вторая, диалектная версия, то Перлеевы пошли от человека с тяжёлым характером, «прущего» напролом. В любом случае, фамилия не имеет отношения к церковным именам или географическим названиям — это чисто прозвищная модель, каких много в русской ономастике.