Фамилия Пероганич — редкий случай, когда прозвище, ставшее фамилией, почти наверняка связано с конкретным ремеслом или торговлей, причём южнославянского происхождения. Основа фамилии — «перогани» или «перогань», что в сербском, хорватском и словенском языках означает сладкий пирожок, ватрушку или, в более широком смысле, выпечку. Суффикс «-ич» — типичный для сербской, хорватской и боснийской ономастики патронимический показатель, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Пероганич буквально переводится как «сын того, кто делает или продаёт перогани», то есть сын булочника, кондитера или торговца пирожками.

География фамилии подтверждает эту версию. Наибольшая концентрация носителей фамилии Пероганич зафиксирована в Хорватии (особенно в регионе Далмации и в Загребе), а также в Сербии и Боснии и Герцеговине. Это указывает на то, что предок, получивший прозвище Перогань, жил в этих землях, и его потомки уже в XIX веке закрепили за собой это профессиональное именование.

В русском контексте фамилия Пероганич — явный пришлый элемент. Она могла попасть в Россию или на Украину вместе с переселенцами из Австро-Венгрии или балканских стран, либо через браки. В дореволюционных метрических книгах и списках эта фамилия встречается крайне редко и почти исключительно в южных губерниях, где селились выходцы с Балкан.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: основа «пероган-» плюс патронимический суффикс «-ич». В отличие от многих русских фамилий, где суффикс мог указывать на принадлежность к определённому сословию, здесь он выполняет чистую функцию «сын такого-то». Споров о происхождении практически нет: балканский корень и кулинарное значение — единственная убедительная версия.