Фамилия Пертищев — редкий пример, где исходное слово почти исчезло из живого языка, но оставило след в прозвищах. Основа — «перть» или «пертень», которые в русских говорах означали нечто вроде «петля», «силок», «ремень» или «завязка». Слово это родственно диалектному «перти́ть» — затягивать, стягивать, делать петлю. Человек, получивший прозвище Пертище, мог быть ловким, умеющим вязать узлы, либо заниматься изготовлением сильков и петель для охоты или рыболовства. Встречается и более приземлённая версия: пертью называли верёвку, которой привязывали лодку или скрепляли части саней, так что прозвище могло закрепиться за бондарем, рыбаком или извозчиком, который славился своей упряжью.

Суффикс «-ев» указывает на типичную русскую патронимическую модель: «чей?» — Пертищев, то есть сын или потомок Пертища. Сама форма «Пертище» — это либо увеличительное от «перть» (большая петля, толстая верёвка), либо прозвище, образованное с помощью суффикса «-ище», который в древнерусском языке часто придавал слову оттенок грубоватости или шутливости. Таким образом, фамилия не дворянская и не книжная, а сугубо народная, из среды ремесленников и крестьян северных и центральных губерний, где диалектное слово «перть» было в ходу.

В письменных источниках фамилия встречается редко, что неудивительно: основа быстро вышла из употребления. В переписных книгах XVII века можно найти варианты «Пертищев» и «Пертищевъ» в основном среди посадских людей и крестьян Вологодчины и Костромской земли — регионов, где развито было речное хозяйство и промыслы, связанные с верёвками и сетями. Со временем прозвище забылось, и фамилия стала восприниматься как просто звуковой комплекс, но исходный смысл — «человек, имеющий дело с петлями и верёвками» — остаётся самым надёжным объяснением.

Стоит упомянуть и более спорную гипотезу, которую иногда выдвигают: связь с глаголом «переть» (идти, тащить). Однако фонетика против: «Пертищев» от «переть» давало бы форму «Пёртищев» или «Пертищев» с ударением на первый слог, что не зафиксировано. Так что версия с «пертью» убедительнее и подтверждается диалектными словарями.