Фамилия Перцхелия напрямую связана с грузинским прозвищем Перцхел, в основе которого лежит сочетание двух слов: peri и tsch’eli. Первое переводится как «румяный», второе — как «горячий, жаркий». Скорее всего, такое прозвище дали человеку, который выделялся либо ярким цветом лица, либо живым, вспыльчивым нравом. То есть перед нами типичный случай, когда характеристика внешности и поведения слилась в одном слове и закрепилась за родом.

Сама модель образования фамилии — через суффикс -ия — типична для западногрузинских фамилий, особенно распространённых в Мегрелии и Абхазии. Этот суффикс указывает на принадлежность к роду или месту, поэтому Перцхелия можно понимать как «из рода Перцхелов». В отличие от восточногрузинских фамилий на -швили или -дзе, которые чаще означают «сын» или «потомок», мегрельский вариант сохраняет связь с родовым гнездом.

Версия о происхождении от «румяного» и «горячего» выглядит правдоподобнее альтернативных попыток вывести основу из других кавказских языков. В грузинской ономастике такие прозвища, отражающие темперамент или внешность, встречаются постоянно, и они редко имеют более сложную этимологию. Возможно, предок был человеком с пылким характером, что в глазах соседей стало его главной отличительной чертой.

Точных сведений о том, когда именно фамилия оформилась и в каких сёлах первоначально жили Перцхелия, в открытых источниках нет. Но характерный суффикс и семантика основы позволяют уверенно говорить о её грузинском, а точнее мегрельском, происхождении. Встречается фамилия и в России, куда носители переезжали в разные периоды, но историческая родина рода — Западная Грузия.