Фамилия Перцин — одна из тех, где разбор начинается не с корня, а с суффикса. Формант -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Перцин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Перца. В русской ономастике фамилии на -ин (в отличие от -ов) чаще образовывались от основ на -а, -я, а также от прозвищ, оканчивающихся на мягкий согласный или шипящий. Здесь основа — «Перц» — и есть тот самый корень, который требует объяснения.

Самая прямая версия — прозвище Перец (или Перц в диалектном произношении). В старину так могли назвать человека с острым языком, вспыльчивого, едкого или, наоборот, маленького и юркого — по аналогии с жгучей и мелкой пряностью. Прозвища по продуктам и специям были распространены: встречаются фамилии Перец, Перцев, Перечкин. Перцин стоит в том же ряду, но с мягким вариантом основы. Менее вероятна, но возможна связь с именем Перфилий (разговорное Перфил, Перша) — через промежуточную форму Перц, где произошло усечение и замена окончания. Однако для такой трансформации нет устойчивых параллелей, поэтому версия с прямым прозвищем выглядит убедительнее.

География фамилии узкая. Перцины встречаются в основном в центральных и южнорусских областях, единично — на Урале. В дореволюционных переписях фамилия фиксируется как крестьянская и мещанская, что типично для прозвищной модели: «пришлый» человек, получивший уличное имя, передал его детям уже как фамилию. Дворянских родов Перциных не известно, что подтверждает её народное происхождение.

Особенность написания — возможное смешение с фамилией Перцов или Перцев. В говорах, где «ц» и «ч» не различались (цоканье), Перцин могло возникнуть и как вариант фамилии Перчин (от «перец» → «перчинка»). Но письменные источники XIX века сохраняют именно форму с «ц», что указывает на устойчивое прозвище, а не на случайное искажение. В итоге Перцин — это фамилия-характеристика, за которой стоит живое, возможно, не слишком лестное, но яркое прозвище предка.