Фамилия Перцина — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни патронимического суффикса -ов/-ев, ни -ин, который мог бы указывать на принадлежность отцу. Суффикс -ин здесь есть, но он входит в основу, а не добавляется к имени. Это значит, что перед нами, скорее всего, не «сын Перцы», а либо усечённая форма от более длинной фамилии, либо фамилия, образованная от прозвища напрямую, без промежуточного имени.

Самая вероятная версия — связь с диалектным словом «перц» или «перца», то есть перец. В русских говорах так могли называть человека с острым языком, вспыльчивого, едкого или просто смуглого, «перчёного». Прозвище Перца или Перц давали не за любовь к специям, а за характер или внешность. От такого прозвища и возникла фамилия Перцина: суффикс -ин в данном случае работает как притяжательный, но не от отчества, а от прозвища главы семьи. То есть Перцина буквально — «жена или вдова Перцы», а затем и потомки.

Менее распространённая, но возможная версия — искажённое написание фамилии Першина (от Перша — народной формы имени Перфилий) или Перцова. Однако в таком случае фамилия сохранила бы более привычный суффикс -ов, а не -ин. Поэтому версия с прозвищем Перца выглядит убедительнее.

Географически фамилия крайне редкая. В дореволюционных метрических книгах она встречается спорадически, в основном на юге России и в центральных губерниях, где было распространено огородничество и торговля перцем. В современной России носителей фамилии единицы, и она не привязана к какому-то одному региону.

Социальный контекст тоже прост: предки носителей фамилии — скорее всего, крестьяне или посадские люди, получившие прозвище за характер или ремесло. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Фамилия не имеет отношения к итальянскому городу Перуджа или к фамилии Перчини — это чисто русская словообразовательная модель, хотя звучание может вводить в заблуждение.