Фамилия Пертулисов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а греческая, а суффикс — типично русский, «-ов». Такое сочетание выдаёт духовное сословие: в XIX веке выпускникам семинарий часто давали фамилии, искусственно образованные от греческих слов, чтобы звучало «благородно» и книжно. Скорее всего, в основе лежит греческое «πέρδιξ» (pérdix) — «куропатка». Если так, то Пертулисов — это семинарский вариант фамилии Куропатников или Куропаткин. Священник или дьячок, получивший такую фамилию, мог сменить её при поступлении в училище, чтобы отличаться от крестьянского окружения.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от диалектного глагола «пертулить», который в некоторых говорах означал «тащить, волочить» или «делать кое-как». В этом случае прозвище Пертулис могли дать нерасторопному человеку или тому, кто «пертулил» что-то тяжёлое. Однако эта версия слабее: фамилии на «-ис» почти не встречаются в русской народной среде, а суффикс «-ов» при такой основе — большая редкость. Греческое происхождение объясняет и форму: греческая основа на «-ис» (как у фамилий Адонисов, Аристов) легко приращивала русский суффикс.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: «сын Пертулиса». В духовной среде такие фамилии часто закреплялись за целыми династиями церковнослужителей. География фамилии крайне узкая — единичные случаи в центральной России и Поволжье, что подтверждает её искусственное происхождение: массово такие фамилии не расходились. Таким образом, предки носителя фамилии Пертулисов почти наверняка были выходцами из семинарской среды, а сама фамилия — калька с греческого названия птицы, данная для благозвучия.